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Nature子刊:用高通量免疫測序診斷病毒感染

摘要:AdaptiveBiotechnologies是高通量測序領(lǐng)域的先驅(qū)性公司和領(lǐng)軍企業(yè)之一,其專長于結(jié)合生物信息學(xué)來鑒定分析T細(xì)胞和B細(xì)胞受體。

  今天,藥明康德合作伙伴AdaptiveBiotechnologies宣布在《自然》子刊《NatureGenetics》上發(fā)表創(chuàng)新型研究論文,結(jié)果證明可提供一種潛在的新穎方法診斷慢性病毒感染。

  AdaptiveBiotechnologies是高通量測序領(lǐng)域的先驅(qū)性公司和領(lǐng)軍企業(yè)之一,其專長于結(jié)合生物信息學(xué)來鑒定分析T細(xì)胞和B細(xì)胞受體。這家公司的immunoSEQ平臺幫助科研人員在腫瘤學(xué)、自身免疫疾病、傳染病和基礎(chǔ)免疫學(xué)等領(lǐng)域展開前沿研究。以服務(wù)或試劑盒形式,immunoSEQ測定方法可以高度精細(xì)地從單個(gè)樣品中鑒定分析數(shù)百萬個(gè)T細(xì)胞和B細(xì)胞受體。該immunoSEQ平臺分析工具可提供定量、可重復(fù)的測序結(jié)果,加上其強(qiáng)大的訪問功能以及易于使用的特性,Adaptive免疫測序平臺的準(zhǔn)確性和靈敏度優(yōu)勢已經(jīng)逐步入駐世界各地的實(shí)驗(yàn)室,推動癌癥和其他免疫介導(dǎo)疾病的突破性研究;同時(shí),該公司也將免疫測序發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)化為臨床診斷和治療手段,以改善患者的護(hù)理水平。

  這篇題為“ImmunosequencingidentifiessignaturesofcytomegalovirusexposurehistoryandHLA-mediatedeffectsontheTcellrepertoire”的文章正是描述了Adaptive的計(jì)算生物學(xué)家如何使用該公司的immunoSEQ平臺和數(shù)據(jù)集,通過免疫測序手段來確定分析T細(xì)胞受體譜系,最終用于診斷人類巨細(xì)胞病毒(CMV)感染的暴露狀態(tài)。

  Adaptive的這項(xiàng)研究是由FredHutchinson癌癥研究中心部分資助的。研究共同作者選擇了CMV進(jìn)行原理驗(yàn)證實(shí)驗(yàn),這是因?yàn)樵摷膊〖s占成年人慢性病毒感染的30%?90%,并被廣泛研究后建立成為公眾人群T細(xì)胞應(yīng)答的模型系統(tǒng)。使用公共數(shù)據(jù),Adaptive的研究團(tuán)隊(duì)分析了666名受試者核心隊(duì)列的T細(xì)胞受體全譜系,以及另外120名受試者的獨(dú)立驗(yàn)證隊(duì)列。研究小組制定了一個(gè)統(tǒng)計(jì)計(jì)算框架,通過CMV感染狀態(tài)對受試者進(jìn)行分類,然后高精度確認(rèn)了免疫測序方法可被用于診斷CMV的感染狀態(tài)。此外,該團(tuán)隊(duì)使用這種方法證明它在預(yù)測受試者的人類白細(xì)胞抗原(HLA)等位基因方面也表現(xiàn)良好,表明該方法可用于識別暴露于其他病原體的生物標(biāo)志,甚至疫苗接種狀態(tài)。

  AdaptiveBiotechnologies的聯(lián)合創(chuàng)始人兼創(chuàng)新主管HarlanRobins博士說道:“我們認(rèn)為通過讀取T細(xì)胞記憶來推斷病原體暴露歷史的方法具有令人興奮的潛力。這是一個(gè)重要步驟,我們旨在將免疫測序驗(yàn)證為針對各種慢性病毒感染的高敏感度、高特異性和高效益的診斷方法。”

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