乙型流感病毒是引起季節(jié)性流感的重要病原之一。根據(jù)最新的估計，季節(jié)性流感每年可致全世界30-60萬人死亡，而由乙型流感病毒引起的季節(jié)性流感病例可占全部病例的一半以上。

與甲型流感病毒相比，乙型流感病毒感染兒童和老年人引起的并發(fā)癥更為嚴重，致死病例從發(fā)病到死亡的時間比甲型流感更短。目前對乙型流感病毒基礎研究遠少于甲型，人們對有關乙型流感的諸多問題，包括與宿主的相互作用、致病機理和宿主免疫防御機制都知之甚少。

劉文軍課題組用高通量測序技術測定了乙型流感感染病毒的人肺細胞系A549的轉(zhuǎn)錄組，并系統(tǒng)地研究了該細胞系對乙型流感病毒感染的宿主轉(zhuǎn)錄應答。通過基因注解分析、轉(zhuǎn)錄因子靶點分析、干擾素組分析，KEGG信號通路分析發(fā)現(xiàn)，III型干擾素（包括IFN-λ1、λ2、λ3和λ4）而非I型干擾素（IFN-α/β）主導的天然免疫信號級聯(lián)和廣泛的抗病毒基因表達是宿主轉(zhuǎn)錄應答的顯著特征。

布尼亞病毒是一大類負義分段RNA病毒，它是組成成員最多的RNA病毒群之一。由于新布尼亞病毒的不斷發(fā)現(xiàn)，國際病毒命名委員會（ICTV）于2016年將原來的布尼亞病毒科升級為布尼亞病毒目，包含9個科。

一些布尼亞病毒是節(jié)肢動物傳播病毒，可引起致命的人類疾病，例如剛果出血熱、裂谷熱和近年來在我國流行的蜱蟲病等。劉文軍課題組研究了布尼亞病毒目九個科各代表成員的核糖核蛋白復合物（RNP）的組成成分的原子結(jié)構(gòu)、相互作用方式、在病毒生命周期中的功能機制，并在此基礎上提出了RNP中的N蛋白和L蛋白相互協(xié)同進行病毒基因組轉(zhuǎn)錄的模型。